La Asamblea General incorpora a los miembros fundadores así como a los miembros regulares. La Asamblea General es la autoridad más alta y se reúne de forma ordinaria al menos una vez al año, o cuando sea necesario. Será llamada por la Secretaría de la Cámara. La Asamblea General se reunirá bajo la dirección del Presidente o de cualquiera de los dos Vicepresidentes, y cuando no estén disponibles, la presidirá el Secretario o cualquiera de los Directores.

La Cámara Marítima de Panamá está dirigida por una Junta Directiva de nueve (9) miembros. La Junta se reúne al menos una vez al mes para asegurarse que todos los planes, proyectos y programas se siguen y se concluyen de forma exitoso. La Junta también se reunirá en cualquier ocasión cuando existan asuntos importantes que se refieran al bienestar de la membresía.

Todos los ex-Presidentes de la Cámara se reúnen como un grupo para asistir a la Junta de Directores, incluyendo: asesorar a la Junta en asuntos relacionados con la industria; asesorar al presidente en cualquier asunto que se presente; mediar en problemas que surja dentro de la membresía.

El Director Ejecutivo provee el enlace entre la Junta Directiva y la Membresía. El Director Ejecutivo está a cargo de las funciones administrativas de la cámara y es responsable del establecimiento de los enlaces entre la Cámara y otras entidades y organizaciones locales e internacionales.

Las Comisiones de la Cámara se establecen tomando en consideración los proyectos y programas que la Junta Directiva tiene planeados para el año y aquellos que no han sido completados. Las Comisiones están presididas por los Miembros de la Junta Directiva, pero incorporan a todos los miembros de manera que todos colaboren con el desarrollo de asuntos importantes como un grupo.